Economie

Covid-19 : alerte sur le réseau de suivi des eaux usées


Tombée des masques dans les écoles primaires, levée des restrictions sanitaires, ouverture des frontières. La crise Covid-19 affiche des indicateurs plutôt au vert. Raison de plus pour être vigilants! C’est normalement l’objectif du futur réseau Sum’Eau: détecter des foyers de recontamination. Le système national de “Surveillance microbiologique dans les eaux usées” sera orchestré par la Direction générale de la santé avec l’appui de Santé Publique France et la collaboration de l’Anses. Ce dispositif doit prendre le relai des premières initiatives de suivi: d’une part le projet de recherche Obépine, mais aussi d’autres initiatives comme celle du Bataillon des Marins pompiers sur la ville de Marseille. Problème, dans un communiqué du 13 octobre, l’Académie de médecine alerte sur l’urgence d’accélérer le déploiement de Sum’Eau, qui a pris du retard.

Anticiper l’apparition de nouveaux clusters

“La détection de virus dans les eaux usées permet d’identifier un foyer de contamination avant son émergence”, rappelle le Pr Yves Buisson, épidémiologiste et membre de l’Académie de médecine. Et donc d’anticiper sa résurgence. En effet le virus du Covid-19 se multiplie dans les cellules du tube digestif et des études scientifiques ont montré que près de la moitié des porteurs asymptomatiques éliminait le virus dans leurs selles, avant même de savoir qu’ils étaient contaminés. “En analysant les eaux usées au niveau de la station d’épuration, on intègre toute l’information du réseau collecteur”, précise Patrick Monfort, directeur de recherche CNRS au laboratoire Hydro sciences de Montpellier.

“On n’est pas dans le détail d’un village ou d’un quartier, mais cela donne un indicateur fiable que l’on peut ensuite compléter par des analyses plus localisées”. Son laboratoire participe au réseau Obépine, depuis sa création en avril 2020 au début de la pandémie. “C’est un système de suivi assez lourd”, convient-il. En France, 150 stations d’épuration (de La Rochelle à Evreux en passant par Guéret), réalisent aujourd’hui deux prélèvements par semaine. Transportés dans des conditions réfrigérées, ils sont analysés dans les laboratoires partenaires. Techniquement, des étapes de concentration, centrifugation, extraction de l’ARN se terminent par une PCR qui permet de quantifier la présence du virus.

“D’un laboratoire à l’autre, les méthodes sont différentes, mais des essais inter-laboratoires nous permettent de valider leur cohérence”. Les résultats sont ensuite remontés dans le système SI-DEP de suivi de l’épidémie. Au niveau des stations d’épuration, “pas de difficulté particulière, le prélèvement est puisé dans le ’24 heures moyen'”. C’est le nom donné à l’échantillon de 4 à 5 L d’eau, asservi au débit et prélevé chaque jour pour les contrôles sanitaires habituels et règlementaires: pourcentage de matière organique, charge en micro-organismes, etc.

Alerter sur la fin d’un système indispensable

Doté d’un budget de recherche de 3 millions d’euros, Obépine a rassemblé des équipes de recherche en mathématique, virologie, microbiologie, épidémiologie, etc. Les scientifiques et les laboratoires d’analyses ont conçu un système qui fonctionne bien. Deux bémols à cela: le projet de recherche était financé jusque juillet 2021 et il ne couvre aujourd’hui que le tiers du territoire français. “Par son communiqué, l’académie nationale de médecine a voulu alerter sur l’importance de mettre en place ce système de surveillance à l’échelle nationale”, explique le Pr Yves Buisson.

“La détection du virus dans les eaux usées répond tout à fait à l’ambition du gouvernement ‘tester-tracer-isoler’: on a là un vrai système de surveillance” et de rajouter : “L’Etat a dépensé des fortunes pour des campagnes de tests sur des villes entières. Mais ces tests étaient basés sur le volontariat et seulement 10% de la population s’est présentée”. “On est dans une phase de plateau bas de l’épidémie, la 5e vague devrait arriver avec le froid et le fait que 25% de la population n’est pas vaccinée. On observe déjà quelques signes. Importante ou non, on ne sait pas”. “Il faut s’aider de tous les outils de la détection précoce pour repérer les points chauds sur lesquels avoir une réponse ciblée, pour ensuite tester activement ces foyers”.

Profiter de l’accalmie de l’épidémie

Même s’il a perdu sa capacité infectieuse, le virus persiste et reste longtemps détectable dans les eaux usées même après une vague de contamination. Ainsi, “c’est justement dans cette période de basse circulation que le système de suivi donne toute sa performance”, insiste Yvon Maday, professeur de mathématiques appliquées à Sorbonne Université et co-fondateur du réseau Obépine. “Il permet de détecter une soudaine augmentation de la charge virale dans un territoire précis”. En mars 2021, la Commission européenne a recommandé aux Etats de se doter d’un système de surveillance des eaux usées avec une date préconisée au 1er octobre 2021.

“En France, le ministère de la Santé a souhaité que ses agences prennent en charge le pilotage dès mai 2021. Cela correspondait bien à nos échéances puisque le financement du projet Obépine prenait fin en juillet”. Mais le temps avançant, les membres du réseau Obépine ont demandé une rallonge financière afin d’assurer “la jonction”, ce qu’a fait le ministère de la Santé. Un financement assuré jusque la fin de l’année désormais.

“Nous avons voulu tirer une sonnette d’alarme”, confirme Yvon Maday, “car sans financement le système actuel sous un format pilote aurait dû s’arrêter”. Conscients que le ministère a été submergé par la quatrième vague, ils constatent que le dispositif n’est aujourd’hui pas totalement en place. “La France était en avance et maintenant les autres pays d’Europe l’ont rattrapée”. Au niveau des agences régionales de santé (ARS) -maillon incontournable du futur dispositif- le travail avance, avec des recrutements d’épidémiologistes chargés de projets scientifiques qui ont justement pour mission l’accompagnement à la mise en place du nouveau dispositif de surveillance basé sur la recherche microbiologique dans les eaux usées (Sum’Eau pour Surveillance microbiologique dans les eaux usées). Comme le rappelle le Pr Yves Buison, “le Covid-19 est l’occasion de mettre en place un système de surveillance des eaux usées pour détecter la présence de virus. Cela peut s’appliquer à la grippe saisonnière, la gastro-entérite, etc.” Pour l’instant, aucune date de mise en œuvre du réseau Sum’Eau n’a été officiellement communiquée par la direction générale de la santé.


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